明代正德年间，董云飞是六扇有名的捕快。为破恩师叶国涛被害案，他联合蓝相爷等一批忠臣良将历经风险主持正义、为民除害，最终找到的真正的罪孽私藏国宝的丁鹤天，案件大白于天下。

山西总兵屈伟和独孤九箭在护送“金钱和美女”进京途中离奇被杀，而其随身宝刀“孟劳”却出现在江湖大盗陆坤手里，六扇门女捕头石依依、屈伟好友锦衣卫沐斌擒获陆坤，却发现陆坤也是被人嫁祸，而六扇门却急于将陆坤收

一宗多年前的杀人案浮出水面，牵出一个在逃的杀手，六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别。

张一奉命执行一项任务，不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救，里应外合救出张一，并从倭寇手中救出数名村民，将倭寇头子竹下一郎正法，投敌叛国的将军刘猛受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成“玄武”小组。

京城出现天启通宝的假币，皇帝大怒，命六扇门彻查此事，玄武小组成员奉命调查此事，顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系，随着调查的深入，他们发现了柳百川的另一个身份，也由此离真相更近了一步。

大金使节达哈苏出使大明以求两国平和，六扇门接到使命护卫。却不料达哈苏抵达后，其副手俄然发问，里应外合占据了六扇门，目的是要杀死达哈苏，挑起两国战役。面临沦亡，同门惨遭屠杀，玄武小组打开拼死的激战。

一伙神秘匪徒意欲在即将举行的祭天盛典上行刺皇帝，六扇门必须在此之前将该案破获。种种线索指向襄阳的苍生客栈，当玄武小组赶到时，一伙匪徒竟将整个客栈的客人劫为人质——而他们的目标，却在所有人的预想之外……

京城名捕潘天柱矮小精干断案如神，“五尺神探”的美名远扬。然而临近退休的他快十年无案可破，闹剧频出，总捕头不愿再留他在六扇门惹是生非，贬他去雾镇当捕头。初来乍到的潘天柱便察觉到这表面祥和的小镇实则怪异得

京城名捕潘天柱矮小精干断案如神，“五尺神探”的美名远扬。然而临近退休的他快十年无案可破，闹剧频出，总捕头不愿再留他在六扇门惹是生非，贬他去雾镇当捕头。初来乍到的潘天柱便察觉到这表面祥和的小镇实则怪异得

女捕头李一月赴西北查案与北海龙三太子童灵相识互生情愫，却被上仙的心魔魇设计反目成仇。月老为保住二人性命，抹除其记忆，二人从此分离。三年后，李一月与童灵意外相逢，二人阴差阳错下再次爱上对方，并携手消灭魇